Ottenby är framför allt en flyttfågellokal. Här passerar vår som höst stora mängder fåglar från Skandinavien, Finland, Ryssland och Sibirien. Av de i Sverige ca 470 påträffade fågelarterna har 362 setts i Ottenby.

Ottenbyområdet har en mycket varierad landskapsbild. Inom det 800 ha stora reservatet finns betade fuktiga strandängar, grunda skyddade havsvikar med utanförliggande sandrevlar, högstammig ekskog, ung björk- och blandlövskog samt tokmarker. Denna variation av biotoper ger livsutrymme för en mängd olika fågelarter. Ottenbys sydostliga geografiska läge präglar också artsammansättningen. Exempel på viktiga fågelarter som finns representerade i Ottenby är snatterand, rödspov, brushane, skärfläcka, sydlig ras av kärrsnäppa, kornknarr och sommargylling.

För många fåglar är Ottenby på våren det första land i sikte efter passagen av Östersjön. De är då i behov av både föda och vila. Många passar därför på att rasta i fyrträdgården, innan de söker sig vidare uppåt Ottenbylund och senare norrut över Öland och Sverige. Det är denna ”uppsamlingseffekt” som gör att Ölands södra udde fungerar som en magnet för småfåglar under vårflyttningen. Vissa morgnar kryllar det av exempelvis rödhakar i trädgården och då kan hundratals fångas för ringmärkning. Under hösten följer landfåglar från både Sakndinavien och Finland/Ryssland Öland på sin flyttning söderut. När de slutligen kommer till Ölands södra udde, tvekar många inför att flyga ut över öppet hav. På så vis fungerar udden som spetsen i en strut och fyrträdgården blir tillflyktsplatsen för de småfåglar som inte vågar flyga över Östersjön på en gång. Samtidigt samlas de individer som lämnat Öland under den gångna natten, men som i gryningen upptäcker att de kommit ut över havet och därmed vänder tillbaka.

Ottenby är också känt för det magnifika sträcket av sjö- och vadarfåglar, som passerar Öland framförallt under hösten. Redan i juli lämnar många vadare sina häckplatser på tundran och längs vägen till övervintringskvarteren i Västeuropa och Västafrika flyger de via Östersjön. Många kommer österifrån och följer Ölands östra kust, passerar södra udden och tar sedan sikte på sydöstra Blekinge och Skåne. De öländska stränderna med rikliga tångbankar erbjuder dessutom en välbehövlig rastplats med närmast obegränsad tillgång till föda (främst tångflugor och deras larver). Här fyller vadarna på energiförråden, innan de fortsätter flyttningen. Sjöfåglar från Östersjön, Bottenhavet och arktiska ishaven följer också Ölandskusten som en ledlinje under höstflyttningen. Många rastar också i de näringsrika vattnen utanför Ölands södra udde och Ölands södra grund. Redan i juni och juli passerar flockar med ejdrar (främst hanar som lämnat honorna att sköta uppfostran av ungarna) och sjöorrar samt måsar och tärnor. I augusti kommer sträcket av simänder igång på allvar och en månad senare passerar stora mängder arktiska prutgäss, framförallt vid ostliga vindar. I oktober domineras sjöfågelsträcket av vitkindade gäss och ejdrar (nu mest honor och ungfåglar). Nu anländer också stora mängder alfåglar för att övervintra i södra Östersjön. Det är framförallt dessa som drabbas hårt av olja, som uppenbarligen ständigt släpps ut från de otaliga fartyg som trafikerar vattnen utanför Öland och Gotland. Varje vår söker sig hundra- och ibland tusentals oljeskadade alfåglar till stränderna. Tyvärr är dessa antal endast en bråkdel av alla offer som den dödliga oljan skördar varje år.